Az egyetemen zajló kutatások fontos színhelyei a doktori iskolák. A mesterképzésre épülő doktori képzés a tanulmányaikat kiemelkedő eredménnyel befejezők számára jelenthet belépést a tudományos életbe. A 19 doktori iskola közel 50 képzési programja a Szegedi Tudományegyetemen művelt valamennyi tudományterületet/tudományágat lefedi a művészetek kivételével.